Osnovan je 1995. godine s ciljem sistematizovanja istraživanja flore i faune Crne Gore i njihovog predstavljanja široj javnosti. Muzejska postavka danas obuhvata 12 zbirki – alge, mahovine, gljive, paprat, cvetnice, beskičmenjaci, insekti, vodozemci, gmizavci, ptice, sisari, kao i paleozološku zbirku. U okviru muzeja postoje i konzervatorska i preparatorska radionica, kao i obimna naučna biblioteka.